Energistyrelsen opkræver årligt gebyr hos operatører til dækning af de omkostninger, der er forbundet med styrelsens opgavevaretagelse på kvoteordningens område.

Det årlige gebyr for driftsledere og luftfartsoperatører beregnes pr. ton udledt CO2 ifølge operatørens seneste verificerede emissionsmængde for det foregående år. Det årlige gebyr fastsætte ikke lavere end den mindste sats og ikke højere end den højeste sats, der gælder for den pågældende kategori af operatører.

Det årlige gebyr for søfartsoperatører og brændstofoperatører fastsættes som et fast beløb pr. operatør.

Gebyrsatser 

Gebyrsatser for driftsledere

Gebyr pr. ton udledt CO2e 2,77 kr.
Højeste sats 120.000 kr.
Mindste sats 20.000 kr.

Gebyrsatser for luftfartsoperatører

Gebyr pr. ton udledt CO2e 2,67 kr.
Højeste sats 90.000 kr.
Mindste sats 20.000 kr.

Gebyrsatser for søfartsoperatører

Gebyr pr. ton udledt CO2e 2,87 kr.
Højeste sats 120.000 kr.
Mindste sats 20.000 kr.

Gebyrsatser for brændstofsoperatører

Gebyr pr. år 25.450 kr.

Yderligere oplysninger kan findes i Bekendtgørelsen om CO2-kvoter m.v.